Séguy wurde am 1. Juli 1877 in Toulon, Frankreich, geboren. Schon in jungen Jahren zeigte er eine Leidenschaft für Naturgeschichte und begann im Alter von 12 Jahren mit dem Sammeln von Insekten. Er studierte Medizin an der Universität Montpellier und schloss sein Studium 1902 ab.
Séguy begann seine Karriere als Militärarzt, widmete sich aber schon bald der Entomologie. Von 1906 bis zu seiner Pensionierung im Jahr 1942 arbeitete er am Muséum national d'histoire naturelle in Paris. Während seiner Zeit im Museum kuratierte er die Sammlung von Diptera und veröffentlichte zahlreiche wissenschaftliche Artikel und Bücher zu diesem Thema.
Séguys Hauptforschungsgebiet war die Familie der Muscidae, und er wurde zu einem weltweiten Experten für diese Gruppe. Er beschrieb über 1.000 neue Muscidae-Arten und veröffentlichte mehrere Monographien und Kataloge über die Familie. Er arbeitete auch an anderen Diptera-Familien, darunter Tephritidae, Conopidae und Cecidomyiidae.
Neben seiner wissenschaftlichen Arbeit war Séguy auch aktives Mitglied mehrerer wissenschaftlicher Gesellschaften, darunter der Société entomologique de France und der Royal Entomological Society of London. Er wurde 1939 mit der Linnean-Medaille der Linnean Society of London und 1949 mit dem Prix Constant der Académie des Sciences in Paris ausgezeichnet.
Séguy starb am 23. Oktober 1951 im Alter von 74 Jahren in Paris. Er war ein produktiver Entomologe, der bedeutende Beiträge zur Erforschung der Zweiflügler leistete, und seine Arbeiten werden auch heute noch häufig von Wissenschaftlern zitiert.