Folgendes wissen wir über sein musikalisches Schaffen:
* Er war hauptsächlich Kirchenmusiker. Dies ist wahrscheinlich der Grund, warum die meisten seiner Kompositionen für den Gottesdienst gedacht waren, etwa Kantaten, Motetten und Orgelwerke.
* Es wird angenommen, dass er mehrere Kantaten und Chöre geschrieben hat. Leider ist davon nichts erhalten geblieben.
* Er hat auch einige Stücke für Klavier geschrieben. Einige davon sind noch erhalten, darunter „Allein Gott in der Höh sei Ehr“ und „Christ lag in Todesbanden“, die als frühe Beispiele barocker Orgelmusik gelten.
Es ist wichtig, sich daran zu erinnern, dass unser Wissen über das Werk von Johann Christoph Bach aufgrund des Mangels an erhaltenen Manuskripten sehr begrenzt ist. Daher ist es unmöglich, eine umfassende Liste seiner Kompositionen bereitzustellen.
Die erhaltenen Werke bieten jedoch wertvolle Einblicke in das musikalische Umfeld, in dem Johann Sebastian Bach aufwuchs und beeinflusst wurde.