Er ist vor allem für sein Tagebuch bekannt, das er zwischen 1660 und 1669 führte und das heute als eine der wichtigsten Hauptquellen für die Sozialgeschichte Englands im 17. Jahrhundert gilt.
Pepys wurde in eine bescheidene soziale Stellung hineingeboren, erhielt aber eine klassische Ausbildung am Magdalene College in Cambridge. Er genoss die Schirmherrschaft wichtiger Verwandter und seine eigenen Fähigkeiten, im öffentlichen Dienst aufzusteigen.
Er wurde Parlamentsabgeordneter für Castle Rising und Tanger, Schatzmeister für Tanger, Sachbearbeiter des Navy Board, Sekretär der Admiralität, Präsident der Royal Society und Master of Trinity House.
Sein berühmtes Tagebuch bietet eine Fülle von Informationen über die Kultur und Gesellschaft seiner Zeit, darunter Augenzeugenberichte über einige der wichtigsten Ereignisse dieser Zeit, darunter den Großen Brand von London.
Pepys‘ Karriere spiegelt auch seine Verbindungen zum Restaurationsgericht und die politischen Kämpfe wider, die in dieser Zeit stattfanden.
Nach 1669 war er aufgrund nachlassender Sehkraft nicht mehr in der Lage, sein Tagebuch zu führen.
Er sah sich auch öffentlicher Kritik ausgesetzt und wurde 1679 unter der falschen Anschuldigung, ein katholischer Sympathisant zu sein, seines Amtes enthoben.
Später wurde er entlastet und diente von 1684 bis 1689 erneut als Sekretär der Admiralität und half dabei, die Marine für Wilhelm von Oranien während der Glorreichen Revolution zu sichern.
Pepys starb 1703 und hinterließ seine Bibliothek und Manuskripte dem Magdalene College in Cambridge, wo sie noch heute aufbewahrt werden.
Sein Tagebuch wurde transkribiert, bearbeitet und in vielen Auflagen veröffentlicht, und sein historischer und literarischer Wert wird weiterhin studiert und bewundert.