- Die Garvan-Olin-Medaille der American Chemical Society (1983):Diese prestigeträchtige Auszeichnung würdigt herausragende Leistungen auf dem Gebiet der Chemie.
- Die Tolman-Medaille der Southern California Section der American Chemical Society (1985):Diese Auszeichnung wird an eine Person verliehen, die bedeutende Beiträge auf dem Gebiet der Chemie geleistet hat.
- Fellows Award der American Association for the Advancement of Science (AAAS) (1987):Dieser Preis wird an Personen verliehen, die herausragende Beiträge zur Weiterentwicklung der Wissenschaft geleistet haben.
- Auszeichnung „Frau des Jahres“ der National Organization for Women (NOW) (1990):Diese Auszeichnung würdigt die bedeutenden Beiträge von Frauen in verschiedenen Bereichen.
- Der L'Oréal-UNESCO-Preis für Frauen in der Wissenschaft (2005):Marie Daly war eine der fünf Preisträgerinnen dieses Preises, der außergewöhnliche Leistungen von Frauen in der wissenschaftlichen Forschung würdigt.
- Die National Medal of Science (2005):Dies ist eine der höchsten Auszeichnungen, die Wissenschaftlern in den Vereinigten Staaten verliehen werden, und würdigt ihre herausragenden Beiträge auf diesem Gebiet.
Die Leistungen und der Einfluss von Marie M. Daly auf dem Gebiet der Chemie wurden weithin anerkannt und gefeiert, und ihre Auszeichnungen zeugen von ihren außergewöhnlichen Leistungen und Beiträgen.