- Newbery Honor Award für „Judy Moody and the Not Bummer Summer“ (2011)
- Theodor Seuss Geisel Honor Award für „Stink and the Ultimate Showdown“ (2009)
- California Young Reader Medal für „Judy Moody and the Not Bummer Summer“ (2012)
- Rhode Island Children's Book Award für „Judy Moody and the Not Bummer Summer“ (2012)
- Georgia Children's Book Award für „Judy Moody and the Not Bummer Summer“ (2013)
- Iowa Children's Choice Award für „Judy Moody and the Not Bummer Summer“ (2013)
- Kinderbuchpreis der Keystone State Reading Association für „Judy Moody and the Not Bummer Summer“ (2013)
Darüber hinaus wurde Megan McDonald auch von der American Library Association, der Society of Children's Book Writers and Illustrators und der National Education Association für ihre Beiträge zur Kinderliteratur ausgezeichnet.