Fernsehen:
* Männer benehmen sich schlecht (1992–1998): Diese Sitcom brachte Clunes mit der Rolle des charmant unglücklichen Gary zum Mainstream-Erfolg.
* Doc Martin (2004-heute): Die vielleicht kultigste Rolle von Clunes ist die des schroffen, aber liebenswerten Arztes in der kornischen Stadt Portwenn.
* Reggie Perrin (2007-2009): Ein Remake der klassischen britischen Sitcom „The Rise and Fall of Reggie Perrin“.
* The Great Escape (2003): Eine zweiteilige Miniserie, in der Clunes Roger Bushell porträtierte.
* Jonathan Creek (2000–2016): Erscheint in mehreren Episoden dieser Mystery-Serie als bester Freund der Titelfigur, Maddys Ehemann.
* Der Kommandant (1998-2000): Spielte die Hauptrolle von Commander Jack Harper, einem Offizier der Royal Naval.
* William und Mary (2003–2010): Erscheint als wiederkehrender Charakter, der Schwager des Titelcharakters.
* Der Palast (2008): Spielte in dieser satirischen Comedyserie die Rolle eines Mitglieds der königlichen Familie.
* Manhunt (2019): Dargestellter DCI Colin Sutton in dieser True-Crime-Serie über die Gefangennahme von Levi Bellfield.
* Die Nase der Königin (2001): In dieser Kinderserie sprach er die Figur des sprechenden Hundes „Queen's Nose“ aus.
Filme:
* Heartbeat (1992): Clunes spielte in der Filmversion der beliebten ITV-Serie die Hauptrolle.
* Die Seen (2000): Ein romantischer Thriller, in dem Clunes einen Mann spielt, der von einer Frau besessen ist.
* Die Zeitmaschine (2002): Spielte die Rolle von Alexander Hartdegen, einem Wissenschaftler, der in die Zukunft reist.
* Der letzte Detektiv (2003): Ein Detektivthriller basierend auf einer Romanreihe des Autors Michael Connelly.
* Three and Out (2011): Eine düstere Komödie, in der Clunes einen alternden Fußballspieler spielt.
* Die Legende von Barney Thomson (2015): Eine schwarze Komödie, in der Clunes einen Friseur spielt, der versehentlich zum Serienmörder wird.
* SuperBob (2015): Spielte einen sanftmütigen Mann, der gezwungen ist, ein Superheld zu werden.
Dies ist keine vollständige Liste, sie enthält jedoch einige seiner bemerkenswertesten und bekanntesten Projekte.