Filme:
* Rosa Flamingos (1972): Waters spielte in diesem Kultfilm die Rolle des „Göttlichen“.
* Desperate Living (1977): In diesem Film trat er auch als „The Divine“ auf.
* Polyester (1981): Waters spielte die Rolle des „Göttlichen“ und führte bei diesem Film auch Regie.
* Haarspray (1988): Waters hatte in diesem Film einen Cameo-Auftritt als Verkäufer im Plattenladen.
* Cry-Baby (1990): Er hatte einen kurzen Auftritt als Schulleiter.
* Serial Mom (1994): Waters spielte in diesem Film die Rolle des „Göttlichen“.
* Pecker (1998): In diesem Film trat er erneut als „The Divine“ auf.
* A Dirty Shame (2004): Waters spielte in diesem Film die Rolle des „Göttlichen“.
* This Filthy World (2006): Er erschien in dieser Dokumentation über sein Leben und Werk.
* Fruitvale Station (2013): Waters hatte einen Cameo-Auftritt als Nachrichtenreporter.
* Das Haus, das Jack gebaut hat (2018): Waters spielte in diesem Film von Lars von Trier eine kleine Rolle.
Fernsehen:
* Die Simpsons (1991): Waters äußerte sich in der Folge „Homer Defined“.
* South Park (1997): Er äußerte sich auch in der Folge „Chef Aid“.
* Die Sopranos (2001): Waters hatte einen Cameo-Auftritt als Filmregisseur in der Folge „The Blue Comet“.
* Arrested Development (2003): Er hatte eine kleine Rolle in der Episode „The Immaculate Election“.
* Die Larry Sanders Show (1992–1998): Waters trat in dieser Show einige Male als er selbst auf.
* Ugly Betty (2006–2010): Er trat als er selbst in der Folge „Ugly Betty’s World“ auf.
* RuPaul's Drag Race (seit 2010): Waters trat in dieser Show mehrfach als Gastjuror auf.
Während seine Auftritte in anderen Projekten begrenzt sind, ist John Waters vor allem für seine eigenen einzigartigen und einflussreichen Filme bekannt.