Mit Hilfe seiner Freundin Karen (Lily Collins) entkommt Nathan der Einrichtung und begibt sich auf die Flucht. Sie müssen ihrer Gefangennahme entgehen und gleichzeitig versuchen, die größere Verschwörung hinter diesen Experimenten aufzudecken. Nathans telekinetische Kräfte werden immer stärker und er beginnt damit, sich gegen die Regierungsagenten zu wehren, die ihn verfolgen.
In einem entscheidenden Kampf konfrontiert Nathan den Anführer der Geheimorganisation und enthüllt der Öffentlichkeit die Wahrheit über ihre Aktivitäten. Der Film endet damit, dass Nathan und Karen fliehen und mit Karens Mutter wiedervereint werden. Die Aufdeckung der Experimente der Regierung führt zu einem öffentlichen Aufschrei und zur Auflösung der Geheimorganisation.
Das Ende lässt für Nathan die Möglichkeit zukünftiger Abenteuer offen, während er seine Kräfte weiter entwickelt und mehr über seine wahre Herkunft erfährt.