In dieser Serie werden der Hauptcharakter Mikey Kudo und seine Freunde in die digitale Welt entführt und knüpfen Kontakte zu Digimon-Partnern. Anstatt jedoch direkt transformiert zu werden, werden sie mit ihren Digimon „verschmolzen“, was zu einer Mensch-Digimon-Hybridform namens „Fusion Fighters“ führt. Dadurch können sie die Fähigkeiten der Digimon nutzen und an ihrer Seite kämpfen.
Die Serie befasst sich mit den Themen Freundschaft, Teamarbeit und der Bewältigung von Herausforderungen und bewältigt gleichzeitig die Gefahren der digitalen Welt.