Zu Beginn des Romans rennen die Hauptfiguren Claudia und Jamie Kincaid von zu Hause weg und beschließen, im Museum zu leben. Während sie das Museum erkunden, stoßen sie auf den geheimen Wohnraum von Frau Frankweiler. Frau Frankweiler ist eine freundliche und exzentrische ältere Frau und erlaubt Claudia und Jamie, bei ihr im Museum zu bleiben.
Im Verlauf des Romans zeigt sich, dass Frau Frankweiler eine tiefe Liebe und Verbindung zum Museum hegt. Sie lebt seit Jahren heimlich dort und kennt jeden Winkel des Ortes. Sie ist auch eine talentierte Künstlerin und schafft wunderschöne Skulpturen und Gemälde, die sie im gesamten Museum versteckt.
Durch ihre Beziehung zu Claudia und Jamie kann Frau Frankweiler ihre Liebe zum Museum mit anderen teilen. Sie unterrichtet sie über die Geschichte und Kunst des Museums und hilft ihnen, die Schönheit und Wunder der Welt um sie herum zu schätzen.
Am Ende wird Frau Frankweilers Geheimnis gelüftet, sie darf aber weiterhin im Museum wohnen. Sie wird zu einem beliebten Mitglied der Museumsgemeinschaft und teilt weiterhin ihre Liebe zu Kunst und Schönheit mit anderen.
Die Verbindung zwischen dem Museum und Frau Basil E. Frankweiler ist ein zentrales Thema des Romans und unterstreicht die Bedeutung von Kunst und Kultur in unserem Leben.