Die offizielle Flagge des St. Charles County ist kastanienbraun und weiß und weist einen markanten weißen Kreis mit einem kastanienbraunen Kreuz davor auf. Die kastanienbraune Farbe steht für Stärke, Eifer und Inbrunst. Die weiße Farbe symbolisiert Reinheit, Wahrheit und Glauben. Das markante weiße Kreuz ist ein Symbol für das Erbe der Grafschaft und den Einfluss der katholischen Kirche in der Region seit den frühesten französischen Siedlungen.