Es ist jedoch bekannt, dass er im 15. Jahrhundert eine Navigationsschule in Sagres, Portugal, gegründet hat. Diese Schule, die keine formale Institution, sondern ein Zentrum für Lernen und Experimente war, spielte eine entscheidende Rolle bei der Entwicklung der portugiesischen maritimen Erkundung. Es zog Wissenschaftler, Navigatoren, Kartografen und Schiffbauer an, die zusammengearbeitet haben, um die Seetechniken zu verbessern und bessere Schiffe zu entwerfen.
Während Prinz Henry selbst keine Schule besuchte, wird ihm eine Navigationsschule gegründet, die für das Zeitalter der Erkundung von entscheidender Bedeutung war.