Es gibt 25 verschiedene Naturen im Spiel, jede mit ihren eigenen positiven und negativen Auswirkungen auf bestimmte Statistiken. Beispielsweise hat ein Pokémon mit einem robusten Charakter keine Statusanpassungen, während eines mit einem lustigen Charakter eine Erhöhung seiner Geschwindigkeit und eine Verringerung seines Spezialangriffs hat.
Für den Aufbau eines effektiven Pokémon-Teams ist es von entscheidender Bedeutung, die Natur zu verstehen und zu verwalten, da sie sich auf die allgemeinen Stärken und Schwächen des Pokémon auswirken kann. Spieler können Pokémon mit bestimmten Naturen begegnen und rekrutieren, während sie Dungeons erkunden oder die Wonder Mail-Funktion nutzen, um mit anderen Spielern in Kontakt zu treten.