Man kann sie sich am besten als zwei unterschiedliche Adaptionen desselben Mangas vorstellen.
* Fullmetal Alchemist (2003) ist die erste Anime-Adaption, die ab einem gewissen Punkt vom Manga abweicht.
* Fullmetal Alchemist:Brotherhood (2009) ist eine originalgetreuere Adaption des gesamten Mangas und erzählt eine andere Geschichte als die Version von 2003.
Sie sollten also mit *Fullmetal Alchemist:Brotherhood* aus Episode 1 beginnen.