1. Dialga gibt die von ihm absorbierten Zeiträder frei und stellt so den normalen Fluss der Zeit wieder her.
2. Der Spieler und sein Partner kehren nach Treasure Town zurück.
3. Dialga erscheint und erklärt dem Spieler und seinem Partner, dass seine Maßnahmen notwendig waren, um eine größere Katastrophe zu verhindern. Er enthüllt, dass eine Kraft namens „Dunkle Materie“ die Zeit manipuliert und verschiedene Verzerrungen und Störungen in der Welt verursacht hat.
4. Dialga beauftragt den Spieler und seinen Partner, die Dunkle Materie zu stoppen.
5. Nach diesem Gespräch geht die Geschichte weiter:Der Spieler und sein Partner erkunden Dungeons, kämpfen gegen Pokémon und rekrutieren neue Teammitglieder, während sie daran arbeiten, die Wahrheit hinter der Dunklen Materie aufzudecken und ihren schändlichen Plänen ein Ende zu setzen.