- Orchestermusik:
- Brandenburgische Konzerte (1721)
- Orchestersuiten (1720-1723)
- Violinkonzerte (1717-1723)
- Keyboardmusik:
- Das Wohltemperierte Klavier (1722, 1744)
- Goldberg-Variationen (1741)
- Französische Suiten (1722-1725)
- Erfindungen und Sinfonien (1723)
- Orgelmusik:
- Toccata und Fuge in d-Moll (ca. 1703-1707)
- Passacaglia und Fuge in c-Moll (um 1708)
- Präludium und Fuge in G-Dur (ca. 1730-1735)
- Gesangsmusik:
- Matthäus-Passion (1727)
- Johannes-Passion (1724)
- Magnificat (1723)
- Weihnachtsoratorium (1734-1735)
- Andere Werke:
- Das Musikalische Opfer (1747)
- Die Kunst der Fuge (ca. 1749-1750)
- Kantaten (über 200)
- Messen (6)