Der Text beschreibt eine stürmische Romanze, die zunächst perfekt schien, aber bald ihre Schattenseiten offenbarte. Die Erzählerin singt darüber, dass sie von Anfang an wusste, dass es Warnsignale gab, diese aber aufgrund der intensiven Gefühle, die sie für diese Person hegte, ignorierte.
Im gesamten Lied verwendet Swift metaphorische Sprache und Bilder, um den emotionalen Aufruhr der Beziehung zu vermitteln. Sie vergleicht ihre Liebe mit einem „roten Fluch“ und einer „Droge“, von der sie abhängig war, obwohl sie wusste, dass sie schädlich war.
Der Refrain unterstreicht die Erkenntnis der Erzählerin, dass sie überfordert war und die Schwierigkeiten hätte kommen sehen müssen:„Ich wusste, dass du Ärger hast, als du reinkamst, also schäme dich jetzt über mich.“
Die Brücke des Liedes steigert sich zu einem Höhepunkt, als die Erzählerin ihre Frustration und Wut zum Ausdruck bringt und sich wünscht, sie könnte zurückgehen und ihre Entscheidung, sich auf diese Person einzulassen, rückgängig machen. Sie erkennt, dass sie sich von ihren Gefühlen blenden ließ und den Preis dafür bezahlt hat.
Der letzte Refrain wiederholt die Hauptaussage des Liedes und bestärkt die Vorstellung, dass die Erzählerin wusste, dass ihre Liebe in Schwierigkeiten war, sich aber dennoch darin verfangen ließ.
Insgesamt dient „I Knew You Were Trouble“ als warnende Geschichte über die Gefahren, die es mit sich bringt, Warnsignale zu ignorieren und sich in einer Beziehung intensiven Emotionen hinzugeben, was schließlich zu Herzschmerz und Bedauern führt.