Die gebräuchlichste Stimmung mit reiner Intonation wird als pythagoreische Stimmung bezeichnet. In der pythagoräischen Stimmung ist die Oktave (der Abstand zwischen zwei Tönen, die doppelt so hoch oder doppelt so tief klingen) in 12 gleiche Schritte unterteilt. Jeder dieser Schritte wird Halbton genannt.
Die folgende Tabelle zeigt die Intervalle zwischen den Noten der chromatischen Tonleiter in der pythagoräischen Stimmung, ausgedrückt als Frequenzverhältnisse:
* C:1/1
* C♯:256/243
* D:9/8
* D♯:32/27
* E:5/4
* F:4/3
* F♯:45/32
* G:3/2
* G♯:512/343
* A:5/3
* A♯:6/5
* B:15/8
Wie Sie der Tabelle entnehmen können, sind die Intervalle zwischen einigen Noten in der pythagoräischen Stimmung nicht genau gleich. Beispielsweise ist der Abstand zwischen C und C♯ (Halbton genannt) kleiner als der Abstand zwischen D und D♯ (auch Halbton genannt). Dies liegt daran, dass die Intervalle in der pythagoräischen Stimmung auf den Verhältnissen kleiner ganzer Zahlen und nicht auf gleichen Intervallen basieren.
Die ungleichen Intervalle bei reiner Intonation können einen komplexeren und interessanteren Klang erzeugen als die gleichen Intervalle bei gleichschwebender Stimmung. Allerdings kann es auch schwieriger sein, nur die Intonation in der richtigen Stimmung zu spielen, da der Musiker dazu die Tonhöhe seiner Noten leicht anpassen muss, um sie an die Intervalle anzupassen.