Petrucci verwendet seit den frühen 1990er Jahren Gitarren von Ernie Ball Music Man und seine Signature-Modelle gehören zu den beliebtesten Gitarren der Welt. Zu seinen Signaturmodellen gehören die John Petrucci Majesty, die John Petrucci BFR und die John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci verwendete in den 1980er und frühen 1990er Jahren auch Ibanez-Gitarren. Seine berühmteste Ibanez-Gitarre ist die Ibanez RG550, die er auf den ersten beiden Alben von Dream Theater verwendete.
Fender Stratocaster
Petrucci hat gelegentlich auch Fender Stratocaster-Gitarren verwendet, insbesondere für klare und bluesige Töne.