Gottschalks Musik wird oft als „nationalistisch“ beschrieben, weil sie Elemente amerikanischer Volksmusik und Popmusik enthält. In seinen Kompositionen verwendete er auch afroamerikanische Spirituals und andere Elemente afroamerikanischer Musik. Gottschalks Musik zeichnet sich oft durch den Einsatz von Synkopen, Improvisationen und virtuoser Klaviertechnik aus.
Zu Gottschalks berühmtesten Kompositionen gehören „Bamboula“, „The Banjo“, „The Union“ und „The Last Hope“. Diese Musikstücke sind alle repräsentativ für Gottschalks einzigartigen Stil und sein Engagement für die Schaffung einer eindeutig amerikanischen Musik.