Er wurde in Davao City, Davao, Philippinen, geboren und war mit Mercedes Cacho verheiratet. Er war der Vater der ehemaligen Bürgermeisterin von Davao City, Sara Duterte, der Tochter des Vizepräsidenten, Inday Sara Duterte-Carpio, und des ehemaligen Kongressabgeordneten des 3. Bezirks von Davao, Paolo „Pulong“ Duterte.
Alvarez, ein Veteran der Politik in Davao City, trat erstmals 1965 in die Politik ein, als er zum Vizebürgermeister der Stadt gewählt wurde. Seine zwei Amtszeiten als Bürgermeister waren geprägt von einer Kampagne gegen muslimische Rebellen in der Region und einem aggressiven Wirtschaftsentwicklungsprogramm. Er unterstützte auch die Präsidentschaft von Ferdinand Marcos.
Während des Kriegsrechts wurde Alvarez 1978 zum Vertreter des 3. Bezirks von Davao gewählt. Er wurde 1980 und 1984 wiedergewählt. Er war ein integraler Bestandteil von Marcos‘ Maschinerie und ein Verbündeter des verstorbenen Präsidenten.
Als Marcos 1986 in der People Power Revolution gestürzt wurde, wechselte Alvarez die Seiten und trat der Regierung von Präsidentin Corazon Aquino bei. Anschließend wurde er zum Verteidigungsminister ernannt.
1987 wurde er zum Administrator der Philippine Coconut Authority ernannt. Er diente bis 1990.