In Pokémon Crystal reisen Sie mit verschiedenen Methoden zwischen Städten und Gemeinden:
* Gehen: Die gebräuchlichste Methode, besonders zu Beginn des Spiels.
* Radfahren: Verfügbar, sobald Sie ein Fahrrad von der Radstraße in Goldenrod City erhalten.
* Boot: Wird verwendet, um zwischen bestimmten Städten zu reisen, beispielsweise von New Bark Town nach Violet City.
* Zug: Wird verwendet, um in bestimmte Städte zu reisen, beispielsweise von Goldenrod City nach Ecruteak City. Sie kaufen Zugtickets für die Fahrt, es gibt jedoch keinen speziellen „Rail Pass“.
Das Spiel verfügt nicht über ein Rail-Pass-System wie einige spätere Pokemon-Spiele wie Pokemon Diamond, Pearl und Platinum.