In dem Buch argumentiert Clarke, dass die Bush-Regierung die Warnungen der Geheimdienste vor der Bedrohung durch den Terrorismus ignoriert habe und dass diese Nachlässigkeit zu den Anschlägen vom 11. September beigetragen habe. Er kritisiert auch die Reaktion der Regierung auf die Angriffe und argumentiert, dass die Kriege in Afghanistan und im Irak die Sicherheit der Vereinigten Staaten beeinträchtigt hätten.
Shady Aftermath wurde von einigen für seine Insider-Perspektive zu den Anschlägen vom 11. September und für seine Kritik am Umgang der Bush-Regierung mit dem Terrorismus gelobt. Allerdings wurde es von einigen auch wegen seiner negativen Darstellung der Bush-Regierung und wegen des Mangels an konkreten Beweisen zur Untermauerung einiger seiner Behauptungen kritisiert.