Das Verschwinden von Nagato Yuki-chan spielt in einer alternativen Realität, in der Yuki Nagato das einzige Mitglied der SOS-Brigade ist. Die anderen Mitglieder des Clubs, darunter Haruhi Suzumiya, Mikuru Asahina und Itsuki Koizumi, sind alle verschwunden. Yuki ist entschlossen, herauszufinden, was mit ihren Freunden passiert ist, und sie zurückzubringen.
Die Serie wird aus Yukis Perspektive erzählt und erforscht ihre Gedanken und Gefühle, während sie das Verschwinden untersucht. Es befasst sich auch mit den Beziehungen zwischen den Mitgliedern der SOS-Brigade und wie sie vom Verschwinden betroffen waren.
„Das Verschwinden des Nagato Yuki-chan“ wurde für seine Charakterentwicklung und seine Auseinandersetzung mit den Themen Freundschaft und Loyalität gelobt. Die Serie wurde auch für ihre wunderschönen Illustrationen und ihre originalgetreue Adaption der ursprünglichen Light Novels gelobt.
„Das Verschwinden des Nagato Yuki-chan“ ist ein Muss für Fans von „Die Melancholie der Haruhi Suzumiya“ und für jeden, der Spaß an guten Krimis hat.