Hiro Nakamura ist einer der wenigen Helden, denen es gelungen ist, auf freiem Fuß zu bleiben. Er nutzt seine Zeitreisefähigkeiten, um Menschen zu retten und Katastrophen zu verhindern, ist sich aber auch bewusst, dass die Welt immer noch einer großen Bedrohung ausgesetzt ist.
Der Hauptschurke der Staffel ist eine neue Figur namens Erica Kravid, die Chefin eines globalen Medienimperiums, die heimlich die Ereignisse hinter den Kulissen manipuliert. Erica ist entschlossen, die Kontrolle über die Regierungen der Welt zu übernehmen und jede Bedrohung ihrer Macht, einschließlich Helden und Bösewichte, zu beseitigen.
Als Ericas Pläne Wirklichkeit werden, müssen sich die Helden ein letztes Mal zusammenschließen, um sie aufzuhalten und die Welt zu retten. Die letzte Staffel gipfelt in einem Kampf zwischen den Mächten von Gut und Böse, in dem die Helden letztendlich siegen und den Frieden in der Welt wiederherstellen.