Tschaikowsky starb am 6. November 1893 (nach dem alten russischen Julianischen Kalender am 25. Oktober) an Cholera, die damals ein ernstes Problem für die öffentliche Gesundheit darstellte und sich schnell ausbreiten konnte, wenn das infizierte Wasser unwissentlich konsumiert wurde. Während dies für viele heute „ungewöhnlich“ erscheinen mag, waren Cholera-Ausbrüche damals keine Seltenheit.
Zu dieser Zeit kam es rund um St. Petersburg (heute Leningrad in Russland), wo Tschaikowsky lebte, zu einem Cholera-Ausbruch. Leider erkrankte er an den Bakterien, die seinen Gesundheitszustand mehrere Tage lang stark beeinträchtigten und letztendlich zu seinem Tod führten.
Um späteren Spekulationen und Kontroversen vorzubeugen, wurde in der Diagnose der Ärzte eine wahrscheinliche Infektion durch verunreinigtes Wasser oder ungekochtes Essen angegeben, das Tschaikowsky versehentlich zu sich genommen haben könnte. Abgesehen von seiner Krankheit, die zum Tode führte, gibt es keine ungewöhnlichen Theorien über seinen Tod.