Whartons Schriften zum Völkerrecht umfassen:
- A Digest of the International Law of the United States (3 Bände, 1887)
- Die gesammelte diplomatische Korrespondenz der Vereinigten Staaten von 1783 bis 1789 (6 Bände, 1889)
- International Law Digest (10 Bände, 1886-1906)
- Eine Abhandlung über den Konflikt der Gesetze (3. Auflage, 1905)
- Das Völkerrecht (2 Bände, 1897)
Zusätzlich zu seiner Arbeit zum Völkerrecht schrieb Wharton auch mehrere Bücher zu anderen Themen, darunter:
- Sozialrecht, Entstehung und Grundlagen des Rechts als Studium (1879)
- The Wharton School Alumni:Eine biografische Geschichte der Wharton School der University of Pennsylvania (1895)
- Gesetzliche Maximen (1897)
- Plain Talks on Law (1901)
- Amerikanische Verfassungsgeschichte, 1783–1850 (1902)
- Strafverfahren (11. Auflage, 1918)