Hier ist der Grund:
* Ultimate Alliance 2 wurde 2009 veröffentlicht. Danach explodierte die Popularität von Deadpool und er wurde 2016 zu einem wichtigen Akteur im Marvel Cinematic Universe.
* Der Fokus des Spiels lag auf einer anderen Erzählung. Ultimate Alliance 2 konzentrierte sich auf die Geschichte des Bürgerkriegs mit Helden und Bösewichten, die Iron Man und Captain America nahestehen.
* Deadpools Charakter war zu dieser Zeit weniger prominent. Obwohl er ein beliebter Antiheld war, war er nicht so bekannt oder so Mainstream wie heute.
Obwohl es also durchaus Pläne gab, Deadpool einzubeziehen, war er im letzten Spiel letztendlich nicht zu sehen.