Während die Spione versuchen, sich gegenseitig zu überlisten, stoßen sie auf komische Hindernisse, die ihr Spionagehandwerk in ein Nebenschauspiel der Slapstick-Komödie verwandeln. Black Spy verfängt sich in einem riesigen Jo-Jo, während White Spy von einem Schwarm Gummihühner verfolgt wird. Auch die Flora und Fauna der Insel mischt sich in den Wahnsinn ein:sprechende Papageien verspotten jede Bewegung der Spione und schelmische Affen stehlen ihre geheimen Pläne.
Inmitten des eskalierenden Chaos stoßen die beiden Spione auf ein verstecktes unterirdisches Labor, in dem sie den Mastermind hinter ihrer endlosen Rivalität entdecken:einen schelmischen MAD-Wissenschaftler namens Professor Wacko. Es stellt sich heraus, dass Wacko die Missionen „Spion gegen Spion“ zu seinem eigenen Vergnügen inszeniert hat, indem er ferngesteuerte Verkleidungen und Trickgeräte einsetzte, um die Spione auf der Jagd nach Schatten zu halten.
In einer Höhepunktszene, die jeder Logik und Vernunft trotzt, verbünden sich Black Spy und White Spy gegen Professor Wacko und liefern sich einen verrückten Kampf, bei dem es um Puddingkuchen, explodierende Zigarren und ein riesiges Gummiband geht. Am Ende geraten die Spione und der Wissenschaftler in eine verworrene Wendung der Ereignisse, die sie alle schwindelig und völlig besiegt zurücklässt.
Als der Vorhang für das Abenteuer „Spy vs. Spy“ fällt, finden sich die Agenten wieder in ihren jeweiligen Hauptquartieren wieder und fragen sich, ob ihre letzte Eskapade nur eine wilde Halluzination war. Mit ihrem charakteristischen Grinsen zucken sie die Achseln und bereiten sich auf ihre nächste Mission vor, wohlwissend, dass die Welt von Spy vs Spy immer voller verrückter Überraschungen und unvorhersehbarer Wendungen sein wird.