Das Verschwinden wird auf das Auftauchen einer mysteriösen Schattengestalt namens „Darkrai“ zurückgeführt, von der angenommen wird, dass sie für das Verschwinden des Pokémon verantwortlich ist. Die wahre Ursache für das Verschwinden bleibt jedoch ein Rätsel, und die Pokémon Rangers haben die Aufgabe, die Wahrheit hinter diesem außergewöhnlichen Ereignis zu untersuchen und aufzudecken.