Das Lied beginnt damit, dass Gerard über die Stärke und Widerstandskraft seiner Mutter singt und beschreibt, wie sie ihn und seinen Bruder Mikey nach der Scheidung ihrer Eltern alleine großzog. Er dankt ihr für ihre bedingungslose Liebe und Unterstützung und dafür, dass sie ihn gelehrt hat, stark und unabhängig zu sein.
Im Verlauf des Liedes erzählt Gerard von seinen Gefühlen der Trauer und des Verlusts nach dem Tod seiner Mutter. Er singt darüber, wie sehr er sie vermisst und wie sehr er sich wünscht, er hätte mehr Zeit mit ihr verbringen können. Er drückt auch seine Schuldgefühle aus, weil er sie nicht vor ihrer Krankheit retten konnte.
Trotz des Schmerzes und der Traurigkeit feiert das Lied letztendlich das Leben und die Liebe von Donna Lee Way. Gerard singt darüber, dass sie immer in seinem Herzen sein wird und wie ihr Geist ihn weiterhin durch sein Leben führen wird.
Das Musikvideo zu „Mama“ enthält Heimvideos und Fotos von Gerard und Mikey mit ihrer Mutter sowie Filmmaterial aus ihrer Kindheit. Es bietet eine visuelle Darstellung der engen Bindung zwischen Gerard und Donna und trägt dazu bei, den Liedtext zum Leben zu erwecken.
Insgesamt ist „Mama“ ein kraftvolles und emotionales Lied, das die tiefe Liebe und Bewunderung ausdrückt, die Gerard Way für seine Mutter hegte. Es ist ein Lied über Trauer, Verlust und die dauerhafte Kraft der Liebe.