Brunos Vater wird zum Kommandanten von Auschwitz befördert und die Familie zieht ins Konzentrationslager. Bruno ist verwirrt und verärgert über die Veränderungen in seinem Leben. Er versteht nicht, warum er seine Freunde und sein Zuhause zurücklassen muss, und er versteht nicht, was mit den Menschen im Konzentrationslager passiert.
Bruno trifft Shmuel.
Eines Tages erkundet Bruno das Gelände des Konzentrationslagers, als er auf der anderen Seite des Zauns einen kleinen Jungen sieht. Der Junge trägt einen gestreiften Pyjama und sieht sehr traurig aus. Bruno beginnt mit dem Jungen zu reden und sie werden Freunde. Shmuel erzählt Bruno von seinem Leben im Konzentrationslager und Bruno beginnt, die Schrecken dessen zu verstehen, was passiert.
Bruno schleicht sich ins Konzentrationslager.
Eines Tages beschließt Bruno, sich ins Konzentrationslager zu schleichen, um Shmuel zu besuchen. Er zieht einen gestreiften Pyjama an und schleicht durch den Zaun. Bruno findet Shmuel und sie verbringen den Tag zusammen. Sie spielen Spiele, reden und lachen. Bruno erkennt, dass es auch in den dunkelsten Zeiten noch Hoffnung gibt.
Bruno und Shmuel werden getötet.
Am nächsten Tag werden Bruno und Shmuel von den Nazis gefasst. Sie werden in einen Raum gebracht und ihnen wird eine tödliche Injektion verabreicht. Bruno und Shmuel sterben gemeinsam und ihre Körper werden im Krematorium verbrannt.
„Der Junge im gestreiften Pyjama“ ist eine kraftvolle und bewegende Geschichte über den Holocaust. Es ist eine Geschichte über Freundschaft, Unschuld und die Kraft der Hoffnung.