Danforth war von Anfang an in die Prozesse eingebunden und war bei vielen Vernehmungen und Anhörungen anwesend. Er verhörte die Angeklagten oft und drängte sie, ihre Schuld zu bekennen. Er spielte auch eine Rolle bei der Verurteilung der Angeklagten und unterzeichnete viele der Todesurteile.
Danforths Vorgehen während der Prozesse wurde von Historikern und Rechtsexperten vielfach kritisiert. Er wird oft als Symbol für die Exzesse der Hexenprozesse in Salem und die Gefahren gesehen, die entstehen, wenn man zulässt, dass Hysterie und Vorurteile Vernunft und Gerechtigkeit außer Kraft setzen.