Der Höhepunkt: Die X-Men konfrontieren zusammen mit ihren Verbündeten Sebastian Shaw und sein Team aus mutierten Bösewichten in einem finalen Showdown an Bord eines Atom-U-Boots. Erik Lehnsherr (Magneto) sinnt zunächst auf Rache für die Gräueltaten gegen Mutanten und droht, die Welt mit den Atomraketen des U-Bootes zu zerstören.
Der Wendepunkt: Charles Xavier (Professor Dieser Moment der Verbindung zwischen den beiden Freunden wendet den Ausgang der Schlacht.
Der Sieg: Den X-Men gelingt es mit Hilfe von Moira MacTaggert, die Raketen zu entschärfen und Shaw und sein Team zu besiegen.
Das bittersüße Ende: Während sie sich einen vorläufigen Sieg gesichert haben, endet der Film mit einer melancholischen Note:
* Eriks Verrat: Obwohl Erik sich von Charles‘ Worten beeinflussen lässt, fühlt er sich immer noch zutiefst verletzt durch die Verfolgung der Mutanten und geht weg, um seinen eigenen Weg zu gehen, was auf einen möglichen zukünftigen Konflikt mit Charles und den X-Men schließen lässt.
* Charles‘ Schuld: Charles ist von Eriks Weggang untröstlich und trägt die Last seiner eigenen Schuld an der Tragödie der Kubakrise, die er unwissentlich abwenden konnte, die jedoch Tausende von Menschenleben kostete.
* Eine neue Ära beginnt: Der Film endet mit der Gründung der X-Men als Team, das sich dem Schutz von Menschen und Mutanten verschrieben hat, jedoch mit einem Gefühl der Unsicherheit über die Zukunft und der potenziellen Bedrohung durch Erik Lehnsherrs wachsenden Groll.
Das Ende hinterlässt eine bleibende Frage: Werden Erik und Charles weiterhin auf unterschiedlichen Seiten bleiben oder werden sie einen Weg finden, ihre Differenzen zu überbrücken? Diese Frage stellt die Weichen für die Zukunft des X-Men-Franchise.