Im Roman ist das Phantom ein deformierter Mann, der eine Maske trägt, um sein Gesicht zu verbergen. Er lebt in den Katakomben unter dem Opernhaus und nutzt sein musikalisches Genie, um die Opernsänger und Bühnenarbeiter zu kontrollieren. Das Phantom verliebt sich in eine junge Sopranistin namens Christine Daaé und wird von ihr besessen. Er entführt sie und bringt sie in sein Versteck in den Katakomben. Christine entkommt schließlich dem Phantom, das in der Nacht verschwindet.
Das Schicksal des Phantoms bleibt im Roman unklar. In der französischen Originalfassung des Romans soll sich das Phantom in den Katakomben erhängt haben. In der englischen Übersetzung soll das Phantom jedoch in den Abwasserkanälen von Paris verschwunden sein.